Έντονο είναι το φαινόμενο της ρύπανσης της δυτικής παράκτιας ζώνης του Θερμαϊκού κόλπου, κυρίως από τις υδάτινες εκροές και τις ανθρωπογενείς δραστηριότητες που την επιβαρύνουν. «Οι πιέσεις στο Θερμαϊκό είναι έντονες. Η παράκτια ζώνη δέχεται έντονες ανθρωπογενείς πιέσεις, υδάτινες εκροές με αυξημένα ρυπαντικά φορτία, αλλαγές στις χρήσεις γης, οστρακοκαλλιέργειες, θαλάσσιες μεταφορές που προκαλούν διαταραχές στις λειτουργίες του οικοσυστήματος», ανέφερε ο καθηγητής του ΑΠΘ Γιώργος Ζαλίδης, στη διάρκεια παρουσίασης του προγράμματος «Ολοκληρωμένη διαχείριση και ανάπτυξη της Θεσσαλονίκης από το δυτικό θαλάσσιο μέτωπο». Η παρουσίαση έγινε το βράδυ της Δευτέρας, εν πλω, στο καραβάκι «Κλειώ» και διοργανώθηκε από το Σύλλογο Αποφοίτων Αμερικανικών Πανεπιστημίων Βορείου Ελλάδος, υπό την αιγίδα του υπουργείου Μακεδονίας Θράκης.
Οι σημαντικότερες πηγές ρύπανσης του Θερμαϊκού κόλπου είναι τα ποτάμια Λουδίας, Αξιός, Αλιάκμονας, φυτοφάρμακα και λιπάσματα από την τάφρο 66 της Ημαθίας, η παλιά δεξαμενή των βυρσοδεψείων, ο σταθμός βιολογικού καθαρισμού βιομηχανικών αποβλήτων στη Σίνδο, τα τοπικά ρέματα, τοξικά απόβλητα που έχουν αποτεθεί πλησίον της κοίτης του Γαλλικού, αποστραγγιστικές τάφροι (Δενδροπόταμος, Ανθεμούντας, Φοίνικας), βιομηχανίες και βιοτεχνίες στην περιοχή του Κιλκίς, κτηνοτροφικές και πτηνοτροφικές μονάδες, αστικά και γεωργικά απορρίμματα. Στον Θερμαϊκό παρατηρούνται επίσης ανοξικές κρίσεις, πληθυσμιακές εκρήξεις φυτοπλαγκτού και μακροφυκών, θνησιμότητα οστράκων.