Στα χρόνια μετά την πυρκαγιά του 1917 στη Θεσσαλονίκη, κατά τη διάρκεια διάνοιξης του διαγωνίου δρόμου που ενώνει την πλατεία Βαρδαρίου με το Διοικητήριο, ο αρχαιολόγος Σ. Πελεκίδης ανακάλυψε το Σαραπείο, το μοναδικό ιερό της πόλης που ήταν αφιερωμένο στους αιγυπτίους θεούς Σάραπη, Ίσιδα, Αρποκράτη και Όσιρη.
Η ονομασία του ιερού οφείλεται στις δύο επιγραφές που βρέθηκαν στις πρώτες ανασκαφές, οι οποίες ανέφεραν το όνομα του Σάραπι. Σε αντίθεση με την επικρατούσα ονομασία του ιερού πάντως, οι επιγραφές δείχνουν ότι η Ίσις είναι η συχνότερα αναφερόμενη θεότητα.
Το Σαραπείο ήταν μεγάλο ιερό με στοές και μικρό ναό, προς τιμή των θεών που η λατρεία τους ήρθε από την Αλεξάνδρεια, χάρη στη μεγάλη φήμη για τη θεραπευτική δύναμη που είχαν σε όλο το μεσογειακό χώρο κατά την ελληνιστική περίοδο. Η μεγάλη πίστη που έδειχναν οι Θεσσαλονικείς στους αιγύπτιους θεούς φαίνεται και από τα πολλά μαρμάρινα αναθήματα που αφιέρωναν στο ναό οι πιστοί της πόλης.
Το ιερό είχε συνεχή λειτουργία για σχεδόν έξι αιώνες (3ος αι. π.Χ. – 3ος αι. μ.Χ.) και θεωρείται δεύτερο σε σημασία μετά το αντίστοιχο ιερό της Δήλου.
Τα δύσκολα χρόνια μετά την πυρκαγιά του 1917 δεν επέτρεψαν τη διατήρηση του ναού, ο οποίος, μετά την ανασκαφική έρευνα, καταχώθηκε κάτω από τις πολυκατοικίες, μια μοίρα που είχαν πολλές αρχαιότητες της ελληνιστικής και ρωμαϊκής Θεσσαλονίκης.
Συγκλονιστικό εύρημα της ανασκαφής του ιερού αποτέλεσε η υπόγεια κρύπτη που βρέθηκε σφραγισμένη με όλον της τον πλούτο ανέπαφο. Μέσα στην κρύπτη βρέθηκαν πλήθος γλυπτών, επιγραφών στην ελληνική (περισσότερες από 70) και αναθημάτων που ζωντανεύουν μια αρχαία λατρεία με έντονο ελληνικό χαρακτήρα και πιστούς σε όλα τα στρώματα του πληθυσμού.
Ανάμεσα στα ευρήματα ξεχωρίζουν: μία επιγραφή του 187 π.Χ., το λεγόμενο «Διάγραμμα του Φιλίππου Ε’», που σχετίζεται με οικονομικά ζητήματα του ιερού και τεκμηριώνει τον μεγάλο πλούτο του στα ελληνιστικά χρόνια, και οι κεφαλές από τα λατρευτικά αγάλματα του Σάραπι και της Ίσιδας. Μαζί με το ιερό ζευγάρι των αιγυπτίων θεών λατρεύονταν και ελληνικές θεότητες, όπως η Αφροδίτη.
